O Hospital Agamenon Magalhães atende mais de 4 mil pacientes/mês nas suas quatro emergências (Clínica, Cardiológica, Otorrinolaringologia e Maternidade de Alto Risco). São 425 leitos disponíveis para a população. Uma das principais áreas de referência é a cardiologia, área na qual ele é credenciado pelo Ministério da Saúde como Centro de Referência de Alta Complexidade em Cardiologia, atendendo mais de 480 pacientes/mês.

A maternidade de alto risco é outra área de referência do Hospital Agamenon Magalhães, contribuíndo de forma importante com a Rede Materno Infantil do Estado. Realizando mais de 230 partos/mês, a unidade também possui banco de leite para alimentar as crianças nascidas pré-maturas.